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DAP-seq實驗用到的蛋白表達系統(tǒng)是promega公司的TNTSP6 Wheat Germ Master Mix表達系統(tǒng)(promega L326A),一種體外真核蛋白表達系統(tǒng)。體外表達用到的載體為promega公司的pFN19K HaloTag? T7 SP6 Flexi? Vector(promegaG184A)。本篇為大家介紹一套超高性價比的載體構(gòu)建方案:
Part
1
線性化載體
此步驟是通過PCR擴增來線性化載體,PCR后需要切膠回收降低假陽性。
P-T7sp6-R(線性化反向引物):cgcgttatcgctctgaaagtac
P-T7sp6-F(線性化正向引物):aaacgaattcgggctcggtac
配置反應(yīng)體系:
2×CisPfu HiFi PCR mix (E0102S) | 10 μL |
pFN19K模板(免費索取) | 1 μL |
正向引物(10 μM) | 0.5 μL |
反向引物(10 μM) | 0.5 μL |
water to 20 μL |
反應(yīng)條件:
預(yù)變性 98 ℃ | 2 min |
PCR 反應(yīng) 98 ℃ | 10 s |
退火56℃ | 30 s |
延伸 68℃ | 1 min 25個循環(huán) |
68 ℃ | 5 min |
電泳切膠回收,片段大小4000左右。
Part
2
基因克隆
正向引物設(shè)計:ttCAGAGCGATAACGCG+ 基因ATG開始上游引物
反向引物設(shè)計:cgAGCCCGAATTCGTTT+基因下游引物TAA結(jié)束(反向互補)
配置反應(yīng)體系:
2×CisPfu HiFi PCR mix (E0102S) | 10 μL |
轉(zhuǎn)錄因子模板 | 1 μL |
正向引物(10 μM) | 0.5 μL |
反向引物(10 μM) | 0.5 μL |
water to 20 μL |
反應(yīng)條件:
預(yù)變性 98 ℃ | 2 min |
PCR 反應(yīng) 98 ℃ | 10 s |
退火(Tm-3)℃ | 30 s |
延伸 68℃ | 1 min 30個循環(huán) |
68 ℃ | 5 min |
電泳切膠回收片段。
Part
3
連接轉(zhuǎn)化
重組反應(yīng)配制反應(yīng)體系如下:
Fast DNA Assembly Mix | 5 μL |
轉(zhuǎn)錄因子片段 | 10 ng |
線性化載體 | 10 ng |
滅菌水 up to 10 μL |
反應(yīng)溫度為 50℃ 5min。
將克隆用的化學(xué)感受態(tài)細胞置于冰上解凍。
取 5 - 10 μL 連接產(chǎn)物加入到 100 μL 感受態(tài)細胞中,輕彈管壁混勻 ( 請勿振蕩混勻 ),冰上靜置 30 min。注意:連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化體積最多不應(yīng)超過所用感受態(tài)細胞體積的 1/10。
42℃水浴熱激 60 sec 后,立即置于冰上冷卻2 min。
加入900 μL SOC 或 LB 液體培養(yǎng)基 ( 不添加抗生素 ),37℃搖菌 1 h ( 轉(zhuǎn)速 200 rpm)。
10000 rpm 離心 1min,棄掉900 μL 上清。用剩余培養(yǎng)基將菌體重懸,用無菌涂布棒在含有卡那霉素抗性的平板上輕輕涂勻。
37℃培養(yǎng)箱中倒置培養(yǎng) 12 - 16 h。
陽性克隆測序鑒定,提取質(zhì)粒。
Part
4
附錄
1 測序引物pT7SP6-cx-F:tgcaaggctgtggacatcgg
2 pFN19K模板索取登記電話:13826269811
3 原始載體序列信息
Ggatctcgatcccgcgaaattaatacgactcactatagggtacgatttaggtgacactatagaataaggagaattcatcatggcagaaatcggtactggctttccattcgacccccattatgtggaagtcctgggcgagcgcatgcactacgtcgatgttggtccgcgcgatggcacccctgtgctgttcctgcacggtaacccgacctcctcctacgtgtggcgcaacatcatcccgcatgttgcaccgacccatcgctgcattgctccagacctgatcggtatgggcaaatccgacaaaccagacctgggttatttcttcgacgaccacgtccgcttcatggatgccttcatcgaagccctgggtctggaagaggtcgtcctggtcattcacgactggggctccgctctgggtttccactgggccaagcgcaatccagagcgcgtcaaaggtattgcatttatggagttcatccgccctatcccgacctgggacgaatggccagaatttgcccgcgagaccttccaggccttccgcaccaccgacgtcggccgcaagctgatcatcgatcagaacgtttttatcgagggtacgctgccgatgggtgtcgtccgcccgctgactgaagtcgagatggaccattaccgcgagccgttcctgaatcctgttgaccgcgagccactgtggcgcttcccaaacgagctgccaatcgccggtgagccagcgaacatcgtcgcgctggtcgaagaatacatggactggctgcaccagtcccctgtcccgaagctgctgttctggggcaccccaggcgttctgatcccaccggccgaagccgctcgcctggccaaaagcctgcctaactgcaaggctgtggacatcggcccgggtctgaatctgctgcaagaagacaacccggacctgatcggcagcgagatcgcgcgctggctgtcgacgctcgagatttccggcgagccaaccactgaggatctgtactttcagagcgataacgcg(載體擴增R引物位置) atcgccatggaataagtaaggaatccacatggcacaggttatcaacacgtttgacggggttgcggattatcttcagacatatcataagctacctgataattacattacaaaatcagaagcacaagccctcggctgggtggcatcaaaagggaaccttgcagacgtcgctccggggaaaagcatcggcggagacatcttctcaaacagggaaggcaaactcccgggcaaaagcggacgaacatggcgtgaagcggatattaactatacatcaggcttcagaaattcagaccggattctttactcaagcgactggctgatttacaaaacaacggaccattatcagacctttacaaaaatcagataatgttt(載體擴增F引物位置)aaacgaattcgggctcggtacccggggatcctctagagtcgacctgcaggcatgcaagctgatccggctgctaacaaagcccgaaaggaagctgagttggctgctgccaccgctgagcaataactagcataaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactagcataaccccttggggcctctaaacgggtcttgaggggttttttgctgaaaggaggaactatatccggttcgcttgctgtccataaaaccgcccagtctagctatcgccatgtaagcccactgcaagctacctgctttctctttgcgcttgcgttttcccttgtccagatagcccagtagctgacattcatccggggtcagcaccgtttctgcggactggctttctacgtgttccgcttcctttagcagcccttgcgccctgagtgcttgcggcagcgtgagcttcaaaagaattgccagctggggcgccctctggtaaggttgggaagccctgcaaagtaaactggatggctttcttgccgccaaggatctgatggcgcaggggatcaagatctgatcaagagacaggatgacggtcgtttcgcatgcttgaacaagatggattgcacgcaggttctccggccgcttgggtggagaggctattcggctatgactgggcacaacagacaatcggctgctctgatgccgccgtgttccggctgtcagcgcaggggcgcccggttctttttgtcaagaccgacctgtccggtgccctgaatgaactgcaggacgaggcagcgcggctatcgtggctggccacgacgggcgttccttgcgcagctgtgctcgacgttgtcactgaagcgggaagggactggctgctattgggcgaagtgccggggcaggatctcctgtcatctcaccttgctcctgccgagaaagtatccatcatggctgatgcaatgcggcggctgcatacgcttgatccggctacctgcccattcgaccaccaagcgaaacatcgcatcgagcgagcacgcactcggatggaagccggtcttgtcgatcaggatgatctggacgaagagcatcaggggctcgcgccagccgaactgttcgccaggctcaaggcgcgtatgccggatggtgaggatctcgtcgtgactcatggcgatgcctgcttgccgaatatcatggtggaaaatggccgcttttctggattcatcgactgtggccggctgggtgtggcggaccgctatcaggacatagcgttggctacccgtgatattgctgaagagcttggcggcgaatgggctgaccgcttcctcgtgctttacggtatcgccgctcccgattcgcagcgcatcgccttctatcgccttcttgacgagttcttctgagcgggactctggggttcgaaatgaccgaccaagcgacgcccaaccggtatcagctcactcaaaggcggtaatacggttatccacagaatcaggggataacgcaggaaagaacatgtgagcaaaaggccagcaaaaggccaggaaccgtaaaaaggccgcgttgctggcgtttttccataggctccgcccccctgacgagcatcacaaaaatcgacgctcaagtcagaggtggcgaaacccgacaggactataaagataccaggcgtttccccctggaagctccctcgtgcgctctcctgttccgaccctgccgcttaccggatacctgtccgcctttctcccttcgggaagcgtggcgctttctcatagctcacgctgtaggtatctcagttcggtgtaggtcgttcgctccaagctgggctgtgtgcacgaaccccccgttcagcccgaccgctgcgccttatccggtaactatcgtcttgagtccaacccggtaagacacgacttatcgccactggcagcagccactggtaacaggattagcagagcgaggtatgtaggcggtgctacagagttcttgaagtggtggcctaactacggctacactagaaggacagtatttggtatctgcgctctgctgaagccagttaccttcggaaaaagagttggtagctcttgatccggcaaacaaaccaccgctggtagcggtggtttttttgtttgcaagcagcagattacgcgcagaaaaaaaggatttcaagaagatcctttgatcttttctacggggtctgacgctcagtggaacgaaaactcacgttaagggattttggtcatgagattatcaaaaaggatcttcacctagatccttttatagtccggaaatacaggaacgcacgctggatggcccttcgctgggatggtgaaaccatgaaaaatggcagcttcagtggattaagtgggggtaatgtggcctgtaccctctggttgcataggtattcatacggttaaaatttatcaggcgcgattgcggcagtttttcgggtggtttgttgccatttttacctgtctgctgccgtgatcgcgctgaacgcgttttagcggtgcgtacaattaagggattatggtaaatccacttactgtctgccctcgtagccatcgagataaaccgcagtactccggccacgatgcgtccggcgtagaggatcgagatcttttcagcctgatacagattaaatcagaacgcagaagcggtctgataaaacagaatttgcctggcggcagtagcgcggtggtcccacctgaccccatgccgaactcagaagtgaaacgccgtagcgccgatggtagtgtggggtctccccatgcgagagtagggaactgccaggcatcaaataaaacgaaaggctcagtcgaaagactgggcctttcgttttatctgttgtttgtcggtgaacgctctcctgagtaggacaaatccgccgggagcggatttgaacgttgcgaagcaacggcccggagggtggcgggcaggacgcccgccataaactgccaggcatcaaattaagcagaaggccatcctgacggatggcctttttgcgtttctacaaactcttttgtttatttttctaaatacattcaaatatgtatccgctcat